Τα ποτάμια του Τατζικιστάν είναι πλήρως ρέοντα και ανήκουν κυρίως στη λεκάνη της Αράλης. Και μόνο λίγα ρέουν στα νερά της λίμνης Karakul ή του ποταμού Tarima.
Ποταμός Amu Darya
Το κανάλι του Amu Darya περνά ταυτόχρονα από το έδαφος τεσσάρων χωρών - Αφγανιστάν, Τατζικιστάν, Ουζμπεκιστάν και Τουρκμενιστάν. Το συνολικό μήκος του καναλιού είναι 2.400 χιλιόμετρα. Από αυτά, 1.415 χιλιόμετρα περνούν από τη χώρα. Η πηγή του Amu Darya σχηματίζεται από τη συμβολή δύο ποταμών - Vakhsh και Pyanj. Η εκβολή του ποταμού είναι τα νερά της θάλασσας Aral (στη συμβολή σχηματίζει ένα μεγάλο δέλτα).
Υπάρχουν λίγοι παραπόταμοι κοντά στον ποταμό. Κατά μέσο όρο, το Amu Darya δέχεται τα νερά του Kafirnigan, Surkhandarya και Sherebad, καθώς και έναν αριστερό παραπόταμο - τον ποταμό Kunduz. Και περαιτέρω, μέχρι τον τόπο της συμβολής, δεν υπάρχουν πια παραπόταμοι. Τα νερά του ποταμού χρησιμοποιούνται ενεργά και επομένως το Amu Darya δεν φτάνει στη θάλασσα Aral. Αυτός ακριβώς είναι ένας από τους λόγους για την αποξήρανσή του.
Στα νερά του Amu Darya, υπάρχουν αρκετές διαφορετικές ποικιλίες ψαριών: asp? φαλακρός; aral γατόψαρο? είδος κυπρίνου; sabrefish? ασημένιος κυπρίνος? Λευκό amur? μισώ.
Ποταμός Vanj
Ένας από τους ποταμούς, το κανάλι του οποίου βρίσκεται αποκλειστικά στο έδαφος του Τατζικιστάν. Είναι δεξιός παραπόταμος του ποταμού Pyanj. Το συνολικό μήκος του ποταμού είναι 103 χιλιόμετρα. Η πηγή σχηματίζεται από τη συμβολή δύο ποταμών - ο ένας κατεβαίνει από τους παγετώνες της κορυφογραμμής Vanch, ο άλλος από την κορυφογραμμή της Ακαδημίας Επιστημών (δυτική πλαγιά). Το κανάλι περνά ανάμεσα στις κορυφογραμμές Vanch και Darvaz.
Ποταμός Kashkadarya
Εδαφικά, η κοίτη του ποταμού διέρχεται από τα εδάφη του Τατζικιστάν (περιοχή Sughd) και του Ουζμπεκιστάν (περιοχή Kashkadarya). Συμβατικά, ο ποταμός έχει τρία ονόματα: στο πάνω άκρο - Obikhunda. η μεσαία πορεία - Shinachasai. κάτω - Maimanakadarya.
Το συνολικό μήκος του καναλιού είναι 378 χιλιόμετρα. Η πηγή του ποταμού βρίσκεται σε υψόμετρο 2960 μέτρα πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας και σχηματίζεται από δύο ανώνυμα ποτάμια. Κύριοι παραπόταμοι: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Ποταμός Muksu
Το συνολικό μήκος του καναλιού είναι 88 χιλιόμετρα. Το Muksu βρίσκεται στην περιοχή Jirgatal του Τατζικιστάν. Η πηγή είναι η συμβολή δύο ποταμών: του Seldara και του Sauksoy (παγετώνες Fedchenko και Bolshoi Saukdar).
Ποταμός Kuzylsu
Το Kyzylsu, που σημαίνει "κόκκινος ποταμός", διατρέχει το έδαφος του Κιργιζιστάν και του Τατζικιστάν. Η πηγή είναι οι πλαγιές της οροσειράς Trans-Alai. Το συνολικό μήκος του καναλιού είναι 235 χιλιόμετρα. Στη συμβολή με τον ποταμό Muksu, δημιουργείται ο ποταμός Vakhsh.
Ποταμός Vakhsh
Το συνολικό μήκος του καναλιού του ποταμού είναι 786 χιλιόμετρα και όλα περνούν από το έδαφος του Τατζικιστάν. Η πηγή του ποταμού βρίσκεται στις πλαγιές του Παμίρ, αλλά ο τόπος της συμβολής του με τα νερά του ποταμού Pyanj γεννά το μεγάλο Amu Darya. Ο ποταμός είναι η κύρια πηγή άρδευσης καθώς και παραγωγής ενέργειας.
